3Dの立体は、突き詰めると点の座標と点を三角形に結ぶ番号表の2つです。 Babylon.js では前者が positions、後者が indices。 さらに normals（法線）と uvs を足して VertexData に詰めれば、 それがもうメッシュになります。

const vd = new BABYLON.VertexData();
vd.positions = positions;   // 頂点の座標 [x,y,z, x,y,z, ...]
vd.indices   = indices;     // 三角形 [0,1,2, 2,1,3, ...]
vd.normals   = normals;     // 面の向き（光の当たり方を決める）
vd.uvs       = uvs;         // 模様を貼る位置
vd.applyToMesh(mesh, false);

三角形には表と裏がある

三角形の3点を、表から見て反時計回りに並べると表向き、逆に並べると裏向きになります。 これを巻き順（winding order）と言います。 GPUは処理を減らすため、裏向きの面を初めから描きません（背面カリング）。 だから巻き順を間違えると、立体が消えたり内側が見えたりします。

コードの finalize() は、これを自動で直します。やり方が上手いので見てください。 代表の頂点をひとつ選び、その法線と「中心からその頂点へ向かうベクトル」の 内積を取る。内積が負なら法線が内側を向いている＝巻き順が逆、と判定して、 三角形の2番目と3番目の番号を入れ替えます。

const dot = normals[k]*(positions[k]-center.x)
          + normals[k+1]*(positions[k+1]-center.y)
          + normals[k+2]*(positions[k+2]-center.z);
if (dot < 0) {                       // 内側を向いていた
    for (let i = 0; i < indices.length; i += 3) {
        const t = indices[i+1]; indices[i+1] = indices[i+2]; indices[i+2] = t;
    }
}

法線をならすと、なめらかになる

法線は「その面がどっちを向いているか」を表す矢印で、明るさはこれで決まります。 面ごとに1本ずつ持つとカクカクした多面体に見え（フラットシェーディング）、 頂点ごとにまわりの面の平均を持たせるとなめらかに見えます（スムーズシェーディング）。 同じ形なのに、法線の作り方だけで見た目が変わります。